อย. ย่อมาจาก “สำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา” สะท้อนถึงลักษณะการดำเนินงานที่ขับเคลื่อนด้วยคณะกรรมการชุดต่าง ๆ ซึ่งแต่งตั้งขึ้นตามกฎหมายที่อยู่ในความรับผิดชอบของ อย. เช่น คณะกรรมการอาหาร คณะกรรมการยา คณะกรรมการเครื่องสำอาง คณะกรรมการเครื่องมือแพทย์ เป็นต้น
.
แต่ละคณะเป็นการรวมตัวของบุคคลที่มีความเชี่ยวชาญหลากหลาย ทั้งจากหน่วยราชการด้านการแพทย์และสาธารณสุข วิทยาศาสตร์ การเกษตร การค้า ร่วมกับนักวิชาการ และตัวแทนผู้ประกอบการธุรกิจ
.
อย. นับเป็นหน่วยงานแห่งแรก ๆ ในประเทศไทยที่ดำเนินงานในลักษณะของคณะกรรมการ และที่สำคัญ อย. เป็นหน่วยงานเดียวที่ดูแลด้านผลิตภัณฑ์สุขภาพ โดยผลิตภัณฑ์สุขภาพที่ อย. กำกับดูแลประกอบด้วย อาหาร ยา ผลิตภัณฑ์สมุนไพร เครื่องสำอาง เครื่องมือแพทย์ วัตถุอันตรายที่ใช้ในบ้านเรือน วัตถุออกฤทธิ์ต่อจิตและประสาท รวมถึงวัตถุเสพติดที่ใช้ทางการแพทย์
